根据《土地管理法》（修正）《土地管理法实施条例》（修订）《基本农田保护条例》（修订）《自然资源部关于做好占用永久基本农田重大建设项目用地预审的通知》（自然资规〔〕3号）《国土资源部关于全面实行永久基本农田特殊保护的通知》（国土资规〔〕1号）等法律法规及规章，分析如下：
一、法律法规政策分析
1.《土地管理法》规定：
第三十五条 永久基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或者改变其用途。国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实难以避让永久基本农田，涉及农用地转用或者土地征收的，必须经国务院批准。
禁止通过擅自调整县级土地利用总体规划、乡（镇）土地利用总体规划等方式规避永久基本农田农用地转用或者土地征收的审批。
？思考：哪些项目属于《重点建设项目》，目前各级政策都有划定重点建设项目，具体怎么确定暂无定论。战略性矿产开采列入《全国矿产资源规划》或省级矿产资源规划中的国家规划矿区或资源能源基地是否为重点建设项目？
2.《土地管理法实施条例》规定：
第二十四条建设项目确需占用国土空间规划确定的城市和村庄、集镇建设用地范围外的农用地，涉及占用永久基本农田的，由国务院批准；……
该条例如何办理等，无具体相关表述。
3.《基本农田保护条例》规定
第十五条 基本农田保护区经依法划定后，任何单位和个人不得改变或者占用。国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实无法避开基本农田保护区，需要占用基本农田，涉及农用地转用或者征收土地的，必须经国务院批准。
该条例表述与《土地管理法》基本一致。
二、现有规章等文件分析
1.《自然资源部关于做好占用永久基本农田重大建设项目用地预审的通知》（自然资规〔〕3号）规定：
现阶段允许将以下占用永久基本农田的重大建设项目纳入用地预审受理范围。
（一）党中央、国务院明确支持的重大建设项目（包括党中央、国务院发布文件或批准规划中明确具体名称的项目和国务院批准的项目）。
（二）军事国防类。中央军委及其有关部门批准的军事国防项目。
（三）交通类。
1.机场项目。国家级规划（指国务院及其有关部门颁布，下同）明确的民用运输机场项目。
2.铁路项目。国家级规划明确的铁路项目，《推进运输结构调整行动计划（～年）》明确的铁路专用线项目，国务院投资主管部门批准的城际铁路建设规划明确的城际铁路项目，国务院投资主管部门批准的城市轨道交通建设规划明确的城市轨道交通项目。
3.公路项目。国家级规划明确的公路项目，包括《国家公路网规划（～年）》明确的国家高速公路和国道项目，国家级规划明确的国防公路项目。
此外，为解决当前地方存在的突出问题，将省级公路网规划的部分公路项目纳入受理范围：
（1）省级高速公路。
（2）连接深度贫困地区直接为该地区服务的省级公路。
（四）能源类。国家级规划明确的能源项目。电网项目，包括千伏及以上直流电网项目和千伏、千伏、千伏交流电网项目，以及国家级规划明确的其他电网项目。其他能源项目，包括国家级规划明确的且符合国家产业政策的能源开采、油气管线、水电、核电项目。
（五）水利类。国家级规划明确的水利项目。
（六）为贯彻落实党中央、国务院重大决策部署，国务院投资主管部门或国务院投资主管部门会同有关部门支持和认可的交通、能源、水利基础设施项目。
？思考：战略性矿产开采列入《全国矿产资源规划》国家规划矿区或能源资源基地，是否符合（一）？
2.《国土资源部关于全面实行永久基本农田特殊保护的通知》（国土资规〔〕1号）规定：
按照有关规定，重大建设项目选址缺失难以避让永久基本农田的，在可行性研究阶段，省级国土资源主管部门负责组织对占用的必要性、合理性和补划方案的可行性进行论证，报国土资源部进行用地预审；农用地转用和土地征收依法依规报国务院批准。
3.《自然资源部农业农村部关于加强和改进永久基本农田保护工作的通知》（自然资规〔〕1号）规定
（七）严格占用和补划审查论证。一般建设项目不得占用永久基本农田；重大建设项目选址确实难以避让永久基本农田的，在可行性研究阶段，省级自然资源主管部门负责组织对占用的必要性、合理性和补划方案的可行性进行严格论证，报自然资源部用地预审；农用地转用和土地征收依法报批。深度贫困地区、集中连片特困地区、国家扶贫开发工作重点县省级以下基础设施、易地扶贫搬迁、民生发展等建设项目，确实难以避让永久基本农田的，可以纳入重大建设项目范围，由省级自然资源主管部门办理用地预审，并按照规定办理农用地转用和土地征收。严禁通过擅自调整县乡土地利用总体规划，规避占用永久基本农田的审批。
重大建设项目占用永久基本农田的，按照“数量不减、质量不降、布局稳定”的要求进行补划，并按照法定程序修改相应的土地利用总体规划。补划的永久基本农田必须是坡度小于25度的耕地，原则上与现有永久基本农田集中连片。占用城市周边永久基本农田的，原则上在城市周边范围内补划，经实地踏勘论证确实难以在城市周边补划的，按照空间由近及远、质量由高到低的要求进行补划。重大建设项目用地预审和审查中要严格把关，切实落实最严格的节约集约用地制度，尽量不占或少占永久基本农田；重大建设项目在用地预审时不占永久基本农田、用地审批时占用的，按有关要求报自然资源部用地预审。线性重大建设项目占用永久基本农田用地预审通过后，选址发生局部调整、占用永久基本农田规模和区位发生变化的，由省级自然资源主管部门论证审核后完善补划方案，在用地审查报批时详细说明调整和补划情况。非线性重大建设项目占用永久基本农田用地预审通过后，所占规模和区位原则上不予调整。
4.《自然资源部农业农村部国家林业和草原局关于严格耕地用途管制有关问题的通知》（自然资发〔〕号）规定：
已划定的永久基本农田,任何单位和个人不得擅自占用或者改变用途。非农业建设不得“未批先建”。能源、交通、水利、军事设施等重大建设项目选址确实难以避让永久基本农田的,经依法批准,应在落实耕地占补平衡基础上,按照数量不减、质量不降原则,在可以长期稳定利用的耕地上落实永久基本农田补划任务。
三、《自然资源部办公厅国家林业和草原局办公室关于征求关于改进矿业用地（林、草）管理的通知（征求意见稿）意见的函》(自然资办函〔〕号)表述：
（四）重点保障战略性矿产的用地需求。战略性矿产开采项目，经市级以上矿产资源规划明确的，纳入允许占用永久基本农田的重大建设项目范围，依法依规办理用地审批手续；纳入国家或省级人民政府重大项目清单的，试行计划指标重点保障，在批准用地时直接配置计划指标。
？思考：希望该文件尽快出台，这样明确了“重大建设项目”范围，有利于建设战略性矿产采选工程保障国家资源安全。
四、归纳解读
从以上政策可以看出，简单理解为“国家级规划明确的、国务院投资主管部门或国务院投资主管部门会同有关部门支持和认可的重大建设项目”才可以依法合规占用永久基本农田。
1.已列入《全国矿产资源规划》是符合国家级规划，关键是需要国家发改委或自然资源部等部门确认所属项目属于“重大建设项目”。建议咨询国家发改委或自然资源部解读，个人认为单个矿山认定“重大建设项目”存在困难，目前暂未收集到相关部委政策解读或函复。
2.跟踪《自然资源部办公厅国家林业和草原局办公室关于征求关于改进矿业用地（林、草）管理的通知（征求意见稿）意见的函》(自然资办函〔〕号)正式下发，自然资源部以文件形式确定“重大建设项目”。
个人认为战略性矿产采选项目占用永久基本农田列入“重大建设项目”是目前最可行的措施，其他措施与当前永久基本农田相关法律法规不符。
仅供讨论！